peroon's diary

game programmer

python クラスタリング cluster 3.0 pycluster

f:id:peroon:20091112074021g:image
http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm


pythonクラスタリングが必要になったので
open sourceのcluster 3.0を導入した。
それ自体はCで書かれたもので、
python bindingであるpyclusterもあり、
pythonから使えると考え、これに決めた。


結果、コマンドとして実行することはできたが、
pyclusterの導入は失敗した。
コマンドとして実行できるのならば、
pythonからos.system('command')でコマンドを
実行すればいいので、一応問題はない。


以下は導入方法である。環境はubuntu linux.

  • URLからLinux/Unix source codeをDLする
  • synapticでlibmotif-devをインストール
  • GUIなしでcluster3.0を入れるので不要っぽい)
  • DLしたフォルダで
./configure --without-x
make
make install

とする。うまくいかないならsuになっておく。
(./configureの意味は、そのディレクトリにある
configureファイルを実行せよ)


これでコマンドラインでclusterと打てばhelpが表示される。
usr/local/bin/にclusterの実行ファイルがある。
linuxだとコマンドラインよりターミナルって言う?)


以上でclusterの導入は完了。
pyclusterの導入として

python setup.py install

としたがundeclaredと大量に言われ、失敗する。
コマンドからの使い方で覚えておけば
RubyでもRでも使えるだろうからよしとする。//