http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm
pythonでクラスタリングが必要になったので
open sourceのcluster 3.0を導入した。
それ自体はCで書かれたもので、
python bindingであるpyclusterもあり、
pythonから使えると考え、これに決めた。
結果、コマンドとして実行することはできたが、
pyclusterの導入は失敗した。
コマンドとして実行できるのならば、
pythonからos.system('command')でコマンドを
実行すればいいので、一応問題はない。
以下は導入方法である。環境はubuntu linux.
- URLからLinux/Unix source codeをDLする
- synapticでlibmotif-devをインストール
- （GUIなしでcluster3.0を入れるので不要っぽい）
- DLしたフォルダで
./configure --without-x make make install
とする。うまくいかないならsuになっておく。
（./configureの意味は、そのディレクトリにある
configureファイルを実行せよ）
これでコマンドラインでclusterと打てばhelpが表示される。
usr/local/bin/にclusterの実行ファイルがある。
（linuxだとコマンドラインよりターミナルって言う？）
以上でclusterの導入は完了。
pyclusterの導入として
python setup.py install
としたがundeclaredと大量に言われ、失敗する。
コマンドからの使い方で覚えておけば
RubyでもRでも使えるだろうからよしとする。//
